Terdapat kesepakatan oleh Ja’far Shadiq (Sunan Kudus) yang masih dilestarikan sampai saat ini.
Masjid ini dibangun pada tahun 863 H atau 1480 M, yang dulunya merupakan rumah digunakan sebagai tempat ibadah Sunan Kudus.
Namun, setelah dibentuk Masjid Al Aqsa dan Menara Kudus pada 956 H atau 1549 M.
Sunan Kudus melaksanakan salat fardu dan salat Jumat di kompleks Menara Kudus.
"Ketika ada salat Jumat dikhawatirkan akan bersebelahan dengan Masjid Al Aqsa Menara Kudus. Agar itu tidak terjadi, salat Jumat dipusatkan di sana," Ujar Juru Pelihara Masjid Langgardalem yaitu Muhammad Rizka.
Adanya kesepakatan itu hingga sekarang masyarakat tidak ada yang melakukan salat Jumat di Masjid Langgardalem.
Masjid ini hanya digunakan untuk kegiatan keagamaan dan tempat salat berjamaah oleh warga sekitar.
Selain itu tempat ini juga dijadikan tempat para mengaji para santri dari KH. Turaichan Adjuri.
Masjid ini dapat menampung sekitar 200 jamaah lebih.
Bangunan ini masih memiliki bentuk asli dengan saka (tiang) kayu papat yang berjumlah empat ruang utama masjid dan atap bertundak dengan mustoko di bagian lancip.
Sementara untuk bagian dalam bangunan terdapat gapura tiga pintu dengan ukiran yang unik dan khas yang menggambarkan akulturasi Hindu-Budha.
Saat ini Masjid Langgardalem menjadi objek cagar budaya (OCB), yang didatangi masyarakat dari berbagai daerah.
Konon katanya bahwa sumur di masjid ini dapat menyembuhkan berbagai macam penyakit.
“Orang mengambil air biasanya untuk diminum, atas pangestunipun Mbah Sunan lantaran diridhoi Gusti Allah,”